收到农产品发票可以抵扣。公司纳税人，在购进农产品时收到了流通环节小规模纳税人开具的增值税普通发票，抵扣进项税额。
法律分析：可以。纳税人购进用于生产销售或委托加工17%（2018年5月1日起调整为16%）税率货物的农产品，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%（2018年5月1日起调整为12%）的扣除率抵扣进项税额。
购进农产品可以用于抵扣进项的三类票据 一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书。 这里教材说法是以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税税额为进项税额。而农产品的增值税税率是9%，所以所谓的按照票面注明其实也就是9%的增值税税率。
一般纳税人购进农产品抵扣进项税额有哪些情况从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。进口农产品，按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。
第一种：收到一般纳税人开具的增值税专用发票或海关专用缴款书，就是按发票上的税额抵扣；第二种：从小规模纳税人购进农产品，取得3%征收率的增值税专用发票，发票上的标明的税额虽然是3%，从2019年4月1日，按票面金额和9%的扣除率计算抵扣进项税。
农产品收购发票的程序有：有收购企业出具证明收购农产品证明；根据收购证明，到所在的村开具所销农产品的自产证明；根据村证明，到所在镇、乡政府再次证明所销产品为自产农产品；根据以上各证明，到所在国税局开具免税发票；将发票交收购企事业收款。
法律分析：农产品收购发票开具流程：增加需要收购的农产品商品编码。农户销售自产农产品免征增值税，企业在开具收购发票的时候也是免税开具；在发票管理发票填开处选择收购发票填开。
农产品收购发票的开具需要遵循一定的规定和流程。开具农产品收购发票的前提是收购单位向农业生产者个人收购自产免税农产品。收购单位在向农业生产者个人支付收购款项时，需要向对方索取相应的收购凭证，如自产农副产品证明等。这些凭证是开具农产品收购发票的重要依据。
农产品收购发票应由收购方向农产品销售者开具。发票应包含双方名称、产品名称、数量、单价和金额等信息，并需加盖收购单位公章。首先，农产品收购发票是收购单位向农产品销售者收购农产品时开具的凭证。这是一种用于税务报销和会计核算的凭证，同时也是农产品销售者获得收入的凭证。
构建出产出金融产品取得的材料运输费用，如果是普通发票的话，是不能抵扣进项的，因为只有农产品的发票，可以凭普通发票计算抵扣。
定点供应商如果是农村合作社或农民组织的（是自己生产），可以抵扣，抵扣的税率为13%。定点供应商如果是从农村合作社或农民组织收购来后再销售给增值税一般纳税人，开具是增值税普通发票是不能抵扣。（中间商）蔬菜是属于初级农产品。
一般纳税人购进农产品也可凭取得的普通发票按票面金额抵扣13%的进项税额。农产品的增值税税率为13%。农业生产者销售自己生产的初级农产品免税，这也是鼓励和支持三农政策的体现。因增值税是价外税，申报时应先换算为不含税收入，在增值税申报表的“免税货物及劳务销售额”的栏次填报。
免税农产品是指免交增值税的农业产品。农业产品是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。 如果购买的不是免税农产品要想抵扣进项税，必须要有进项税票且是接收人为一般纳税人的增值税专用发票。 然而免税农产品的抵扣13%则不需要，只需要有普通发票即可以抵扣。
一般情况下是，但有个例外：开具内容为农产品的普通发票可按买价的13%抵扣。